prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2013

• Ribozyme Activity of RNA Nonenzymatically Polymerized from 3 ',5 '-Cyclic GMP

  PINO Samanta COSTANZO Giovanna GIORGI Alessandra ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Entropy, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 12, DOI

• Structural and energetic factors controlling the enantioselectivity of dinucleotide formation under prebiotic conditions

  ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 17, DOI

• Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations

  STADLBAUER Petr KREPL Miroslav CHEATHAM Thomas E. KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2013, ročník: 41, vydání: 14, DOI

• Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer

  DRŠATA Tomáš PEREZ Alberto OROZCO Modesto MOROZOV Alexandre V ŠPONER Jiří LANKAŠ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 1, DOI

• Theoretical studies of the mechanism of 2-aminooxazole formation under prebiotically plausible conditions

  SZABLA Rafal Kazimierz ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GORA Robert W.

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 20, DOI

• Toward Improved Description of DNA Backbone: Revisiting Epsilon and Zeta Torsion Force Field Parameters

  ZGARBOVA Marie LUQUE Javier F. ŠPONER Jiří CHEATHAM Thomas E III OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 5, DOI

2012

• A Novel Approach for Deriving Force Field Torsion Angle Parameters Accounting for Conformation-Dependent Solvation Effects

  ZGARBOVÁ Marie JAVIER LUQUE F. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal JUREČKA Petr

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 9, DOI

• Can We Accurately Describe the Structure of Adenine Tracts in B-DNA? Reference Quantum-Chemical Computations Reveal Overstabilization of Stacking by Molecular Mechanics

  BANÁŠ Pavel MLÁDEK Arnošt OTYEPKA Michal ZGARBOVA Marie JURECKA Petr SVOZIL Daniel LANKAŠ Filip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

• Comment on "Computational Model for Predicting Experimental RNA and DNA Nearest-Neighbor Free Energy Rankings"

  ŠPONER Jiří MORGADO Claudio A SVOZIL Daniel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 28, DOI

• Formamide-Based Prebiotic Synthesis of Nucleobases: A Kinetically Accessible Reaction Route

  ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt ŠPONER Jiří FUENTES-CABRERA Miguel

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of Physical Chemistry A, rok: 2012, ročník: 116, vydání: 1, DOI